河川水體環境常因自然天候條件變化、污染物排入、底泥分解釋出污染物、河道施工造成水質變化、河川流量過少或河道水位過低等狀況，造成水中魚類無法適應而導致死亡情形。
近期天氣炎熱，因本市河川水溫過高、基流量不足等因素，造成魚類多有死亡情形， 本局在接獲轄內魚群死亡案件通報後，均會立即派員前往現場勘查，進行魚屍清理工作，並請當地清潔隊配合載運魚屍；另通知本府環保局現場進行水質採樣蒐證作業，藉以判定是否為水質遭受污染所致，如係屬水質異常所造成，將往上游追查污染源，避免影響人民生活品質，以維持溪流親水環境景觀。
為減少此一狀況，本局多次邀集地方人士、民意代表及專家學者等相關單位，分享治理河川經驗，研議設計簡易木製攔水堰(似保險絲功能)，及於灘地置礫石排水，設計微棲地，增加曝氣，以提高溶氧量，供魚類生存。
未來將持續針對常發生死魚事件的河段加強巡視，市民若發現任何河川遭受污染或明顯死魚情形，請立即撥打1999市民諮詢服務熱線，上班時間均有受理陳情，接獲案件後將儘速派員前往查處，希望全民攜手共同維護本市水體品質及珍貴生態資源。