本府河川治理運用生態工程主要原則有：多以天然資材為主要工料者、設計禁止採用封底型固床工者及護岸工法具多孔隙者，期能使施工後植皮或其他棲地條件恢復良好，使人工構造物與周圍地景達良好協調性。常見工法有格框工法、石(蛇)籠、丁壩、石樑固床工、河床拋石。